Pembelajaran yang dilakukan di SMA Karakter menitikberatkan pada pengembangan individu sesuai dengan karakteristiknya masing-masing dan menumbuhkan keterampilan abad 21. SMA Karakter merupakan sekolah komunitas, dimana program pembelajaran tidak hanya berasal dari sekolah tapi juga dari siswa itu sendiri, orang tua, dan lingkungan di luar sekolah. Untuk menyesuaikan dengan program sekolah, maka program yang digunakan adalah program Paket C.

Paket C adalah ujian kesetaraan untuk tingkat SMA, sama kedudukannya dengan ijazah formal SMA sehingga dapat digunakan untuk masuk perguruan tinggi. Ada dua bidang peminatan, yaitu IPA dan IPS. Dalam Paket C, siswa hanya belajar mata pelajaran yang diujiankan sehingga memiliki lebih banyak waktu untuk mengembangkan keterampilan lainnya.